Jest doświadczonym samorządowcem. W latach 1978 - 1984 był radnym gminy Chełmiec. Potem, od 2006 do 2018 roku przez trzy kadencje zasiadał w Radzie Powiatu Nowosądeckiego, a także w jej komisjach: budżetowej, którą jako przewodniczący kierował przez dwie kadencje oraz komisji edukacji i sportu. Od sierpnia 2016 roku Marek Kwiatkowski jest dyrektorem Małopolskiego Ośrodka Doradztwa Rolniczego w Krakowie z s. w Karniowicach, organizatorem Międzynarodowej Wystawy Rolniczej "Agropromocja", która co roku odbywa się we wrześniu w Nawojowej. W tym roku ta niewielka miejscowość koło Nowego Sącza gościła wystawców po raz dwudziesty ósmy.